１８６５年、夏。京都の西本願寺にある新選組道場で、総長・近藤勇（崔洋一）、副長・土方歳三（ビートたけし）の立ち会いのもと、入隊試合が行われていた。志願者の相手をするのは、新選組きっての剣の使い手、沖田総司（武田真治）。この日、群を抜いた腕のたつ二人が入隊を許される。田代彪蔵と加納惣三郎（松田龍平）である。
　隊士は常に「局中法度」「軍中法度」という厳しい戒律に縛られた生活をしている。その覚書が掲げられた大部屋で、田代は惣三郎に「なぜ新選組に入ったのか」と問うが、惣三郎は微笑むばかりであった。田代はこの時から惣三郎の魅力に惹かれていく。翌日、惣三郎は近藤から御法度を破った隊士の処刑を命じられる。血しぶき一つ浴びずに見事に首を切り落とした惣三郎を、近藤は「勇気がある」と喜ぶが、土方は勇気と違うものを感じていた。
　入隊後、一ヶ月もたたないうちから惣三郎をめぐる噂が流れ始める。隊士たちにとって、美しい惣三郎はかっこうの話題の的であったのだ。なかでも田代との関係は公然の仲のように囁かれるようになる。
　ある日、土方の命により、田代と惣三郎は試合をする。明らかに田代よりも腕が上のはずなのに、圧されている惣三郎をみて、土方は二人の関係を確信した。その試合を食い入るように見つめる男がいた。惣三郎を激しく想う湯沢藤次郎（田口トモロヲ）であった。惣三郎をめぐり、新選組は大きく揺れていくのであった。